Aún no he tenido la oportunidad de probar Windows Azure AppFabric, pero me lo apunto.

Con respecto al tema del directorio público, en symfony y Zend Framework por ejemplo hasta se ha pensado en utilizar un directorio que aloja el bootstrapping del framework (el index.php) y el resto de los archivos quedarían en el directorio superior (no público) o en otro separado.
Más información a lo que me refiero aquí http://librosweb.es/symfony_1_2/capitulo3/instalando_el_entorno_de_pruebas.html http://framework.zend.com/manual/en/learning.quickstart.create-project.html

Aunque se puede modificar para cargar todos los archivos en el directorio público, es una convención que se ha empezado a aplicar a los frameworks de php, y el resto de programadores estamos siguiendo.

Por si te son te utilidad quería añadir unos comentarios:

-Sobre los servicios que ofrece Azure, no sé si has tenido la oportunidad de ver los servicios ofrecidos por Windows Azure AppFabric,puede serte especialmente interesante si quieres afrontar escenarios de integración entre servicios en la nube y aplicaciones on-premise.

Adicionalmente sobre los comentarios

• Un modo más ágil para hacer deploy de nuestras aplicaciones : Como ya has comentado después,el método más ágil y automático para hacer deploy es usar las Service Management API (más info en http://blogs.msdn.com/windowsazure/archive/2009/09/17/introducing-the-windows-azure-service-management-api.aspx) o en su defecto los cmdlets que consumen estas APIs (más info en http://code.msdn.microsoft.com/azurecmdlets)

• Posibilidad de personalizar el directorio público a la que se tendrá acceso desde el servidor web : No entiendo realmente no lo que deseas hacer aquí,la estructura de tu proyecto será la estructura del site web,pero no sé si te he entendido bien lo que deseas hacer.

• Algún modo para gestionar los permisos de los directorios de la aplicación: Los permisos a los accesos a los directorios de la aplicación, lo puedes configurar bajo el modelo de seguridad de ASP.NET estándar. Para más información ver : http://www.asp.net/Learn/Security/ .Adicionalmente también podrías usar basarte en ADFS y reglas de acceso en ACS.

• Posibilidad de ejecutar scripts php o powershell vía cmd en la instancia. Lo que aquí comentabas, siempre y cuando sean acciones referentes a tus servicios Azure lo podrías hacer publicando un servicio WCF por ejemplo que realice ese reinicio de cache. Actualmente no se dá acceso administrativo a los roles de Azure por lo que acciones asociadas a un administrador están bastante restringidas.

Algunas de estas herramientas las podemos encontrar aquí http://code.msdn.microsoft.com/windowsazuresamples

This post was mentioned on Twitter by AsierMarques: desarrollando con php y windows Azure: primer deploy http://bit.ly/bWCUT9…